V roce 1990 zanikla TJ Gottwaldov a do nově vzniklých Sportovních klubů Zlín byl začleněn i Klub stolního tenisu Zlín. O rok později se oddíl přestěhoval do nové herny na Podvesné, kde působí dodnes. Největším úspěchem klubu byly dvě bronzové medaile Tomáše Konečného z mistrovství Evropy juniorů v roce 1999.
Historie klubu pokračuje ve výchově nových hráčů trenéry Krčálem a Koldasem. V roce 2018 herna vybavena profesionálními stoly "Butterfly Centerfold 25". Děkujeme za příspěvek Statutárnímu městu Zlín. V roce 2019 je KST Zlín opět v 1. lize.
V letech 2020/2021 proběhla nákladná rekonstrukce haly. V novém prostředí hráči pokračovali ve svých mistrovských utkáních až v sezóně 2021/2022. Předchozí ročník byl kompletně zrušen z důvodu celosvětové pandemie viru COVID-19.
V ročníku 2022/2023 se mladým hráčům, po vynikajících výkonech, podařilo vybojovat postup z Divize do 3. ligy. Družstvu 1.ligy se ve velké konkurenci nedařilo a v novém ročníku 2023/2024 odehrají mistrovská utkání v 2. lize.
Ročník 2023/2024 byl ve znamení velkých bojů v 3. lize, kdy si hráči zahráli play-off. Bohužel se postoupit nepodařilo. 2. liga se v silné konkurenci držela v první polovině tabulky a nakonec skočila na pěkném 5. místě.
